Auch dieser Modus ist für frühe Entwicklungsphasen konzipiert, bei denen das Modell noch nicht seinen endgültigen Stand erreicht hat (Bild 3). Zusätzlich zum Offline Mode bietet der Synchronized Mode allerdings die Möglichkeit, reale Hardware einzubinden. Auch hier wird die Simulation in Simulink gestartet. Im Gegensatz zum Offline Mode dient jedoch die Zeit aus CANoe als Basis für die Simulationszeit, und die Simulation wird in Echtzeit gerechnet. Als Einschränkung ist hier zu erwähnen, dass das Modell nur so komplex sein darf, dass es schneller als Echtzeit gerechnet werden kann.
Denn durch das Anpassen der Simulink- Zeit an die CANoe-Zeit wird die Ausführungsgeschwindigkeit in Simulink verlangsamt und an die Echtzeit- Basis von CANoe angeglichen. Wenn das Modell jedoch in der Berechnung zu aufwendig wird, kann diese Verlangsamung nicht mehr stattfinden. Erfüllt das Modell jedoch die oben genannte Bedingung, ist in dieser Betriebsart der Zugang zu realer Hardware in vollem Umfang gewährleistet. Auch die Debug-Möglichkeiten von Simulink sind nutzbar.