Zur Steuerung der eMotionButterflies ist kein menschlicher Pilot notwendig. Auf dem zentralen Rechner liegen vorprogrammierte Pfade, die den Schmetterlingen bei ihren Manövern die Flugbahnen vorgeben. Mithilfe von zusätzlich hinterlegten Verhaltensmustern können sie sich aber ebenso autonom durch den Raum bewegen. Eine direkte Kommunikation zwischen den bionischen Flugobjekten findet dabei jedoch nicht statt. In die Steuerung der künstlichen Schmetterlinge ließen die Entwickler ihre Erkenntnisse aus den Projekten zum BionicOpter und den eMotionSpheres einfließen. Das Indoor-GPS kam bereits bei den schwebenden Kugeln zum Einsatz und wurde für die eMotionButterflies hinsichtlich der Bildrate der Kameras weiterentwickelt.