Sobald der Fahrer den Gashebel loslässt, setzt beim EV-neo die Schubabschaltung mit regenerativem Ladevorgang ein, wodurch die Batterie geladen wird. Der EV-neo optimiert das Drehmoment, das während des regenerativen Ladevorgangs erzeugt wird, und bietet damit ein „Motorbremsgefühl“, das dem eines Kraftrads mit Benzinmotor nahe kommt.
Die Batterie besteht aus 90 Einzelzellen und hat eine Kapazität von 907 Wh (72 V x 12.6 Ah). Diese Kapazität wurde von Honda in der Testphase aus dem Nutzungsmuster eines typischen Fahrers errechnet. Damit hat die Maschine auf ebener Strecke bei 30 km/h eine Reichweite von 34 Kilometer.
Die Zellen der EV-neo-Batterie arbeiten auch bei niedrigen Temperaturen einwandfrei. Darüber hinaus fühlt die BMU niedrige Temperaturen und gibt diese Information an die PDU weiter, die daraufhin die Motorleistung begrenzt (Limited-Output-Modus). In diesem Modus fährt der EV-neo mit einer etwas reduzierten Beschleunigungsleistung. Sobald der EV-neo in Bewegung ist, gibt die Batterie Strom ab und beginnt sich aufzuwärmen. Überschreitet die Batterietemperatur eine bestimmte Schwelle, schaltet die PDU vom Limited-Output-Modus in den Normalmodus um, und die Beschleunigungsleistung normalisiert sich.
Bei hohen Temperaturen verursacht die automatische Nachladung der Batterie einen Temperaturanstieg, und normalerweise müsste der Fahrer langsamer fahren, um eine Minderung der Batteriekapazität zu vermeiden. Beim EV-neo wird jedoch, wenn die Batterietemperatur über einen festgelegten Wert steigt, ein Lüfter aktiviert, der Luft in das Batteriegehäuse bläst und den Temperaturanstieg verringert.Dieses System unterstützt die automatische Nachladung, so dass der EV-neo zu jeder Tages- und Jahreszeit benutzt werden kann.