Insbesondere im Zusammenhang mit der parallel durchgeführten Strategischen Umweltprüfung zum Bundesbedarfsplan (SUP) warnt die DUH davor, wegen eines angeblich zu hohen Aufwands auf die Prüfung von Alternativen zu verzichten. Diese sei rechtlich zwingend. Der Verzicht etwa auf eine Alternativenprüfung zu den vier im NEP 2012 vorgesehenen Hochspannungsgleichstromübertragungstrassen (HGÜ) führe zu hoher Rechtsunsicherheit. Auseinandersetzungen durch alle Gerichtsinstanzen bis hin zum Europäischen Gerichtshof und damit entsprechende Verzögerungen des Netzum- und -ausbaus seien deshalb nicht auszuschließen.
Die DUH moniert außerdem, dass im Hauptszenario der Netzbetreiber Braunkohlekraftwerke trotz einer Verdoppelung des Anteils von erneuerbarem Strom im Netz praktisch rund um die Uhr unter Volllast laufen sollen. Dies sei vollkommen unrealistisch und sei weder mit den bereits heute beobachteten Realitäten noch mit den Energieszenarien der Bundesregierung in Einklang zu bringen.
Zentrales Anliegen der DUH ist es, heute nicht eine Netzplanung irreversibel festzuschreiben, die sich später als übertrieben und zu teuer erweisen könnte. Deshalb müsse die Netzplanung wie die gesamte Energiewende als lernender Prozess angelegt werden, in dessen Verlauf Fehler revidierbar bleiben.