Auch bei der Kanalkonfiguration gibt es zwei Wege. Bei der klassischen Methode wird die Hardware erkannt; die Signale werden dann auf Kanäle abgebildet und ihnen Namen und Abtastraten zugewiesen. Große Firmen haben oft einen fertig eingerichteten Messstellen-Katalog, der alle Signale bereits komplett definiert. Zusätzlich ist häufig schon festgelegt, mit welcher Hardware auf welchem Kanal gemessen werden soll. Konfigurationsfehler werden so weitestgehend vermieden. Über ein externes Konvertierungsprogramm können alle Formate importiert und damit die Konfiguration weitgehend automatisiert werden.
Zur Automatisierung von Abläufen (z.B. bei Prüfständen) bietet IPEmotion zwei Automatisierungsschnittstellen: Die interne Automatisierungsschnittstelle (In-Process) und die externe (Out-of-Process). Beide Varianten setzen unterschiedliche Programmierkenntnisse voraus. Während sich die interne Variante an Anwender mit Grundkenntnissen in der Programmierung mit Visual-Basic-Skripten wendet, richtet sich die externe Variante an Anwender mit fortgeschrittenen Programmierkenntnissen.
Mit Hilfe der In-Process-Schnittstelle kann der Anwender in IPEmotion eigene Visual-Basic-Skripte (VBS) erstellen und starten. Die integrierte Makroaufzeichnung ermöglicht es, die Aktionen des Anwenders in der Oberfläche aufzuzeichnen und später als Skript ablaufen zu lassen. Mit der Out-of-Process-Schnittstelle kann der Anwender IPEmotion aus einer externen Anwendung heraus ansprechen und steuern. Die Out-of-Process-Schnittstelle ist so konzipiert, dass jede Programmiersprache verwendet werden kann. Die externe Automatisierungsschnittstelle basiert auf der Implementierung von COM-Komponenten (Component Object Model); somit lassen sich unter Windows Interprozesskommunikation und dynamische Objekterzeugung realisieren. Jede COM-Komponente bietet eine Schnittstelle an, die nach erfolgreicher Erzeugung eines Objekts einer bestimmten Klasse dazu verwendet werden kann, die verfügbaren Funktionen der COM-Komponente einzusetzen.