Die bei einer Systemauswahl entscheidenden Unterschiede zwischen den Systemen liegen in der Unterstützung von Schnittstellen wie PCI-Express, SATA, PEG, SDVO, Legacy-I/O und den neuen Panel- Interfaces HDMI und Display-Port.
Anwendungen mit schneller I/O-Anbindung kommen am seriellen PCI-Express- Bus (PCIe) nicht mehr vorbei – das K.o.-Kriterium für ein ETX-Design mit seinem parallelen 32-Bit-PCI-Bus, der lediglich 133 MByte/s Bandbreite erreicht. Bereits eine einfache PCIe-Lane ermöglicht dagegen 2,5 GBit/s in beide Richtungen. Mit den maximal möglichen vier PCIe-Lanes eines QSeven- oder XTX-Moduls sind bis zu 10 GBit/s möglich. COM-Express Typ 2 bietet sogar sechs PCIe-Lanes und damit bis zu 15 GBit/s. Daneben unterstützen sowohl XTX als auch COM-Express weiterhin den parallelen PCI-Bus mit 32 Bit. Das QSeven- Design geht hier bereits einen Schritt weiter: Da die modernen Chipsätze den parallelen PCI-Bus nicht mehr unterstützen, wurde dieser nicht mehr in die Spezifikation aufgenommen.
Nach wie vor gibt es sehr viele Anwendungen, die den ISA-Bus benötigen. In solchen Fällen geht kein Weg am klassischen ETX vorbei. COM Express, XTX und QSeven unterstützen zwar den seriellen LPC-Bus (Low Pin Count), allerdings können existierende Lösungen damit nicht zu 100 % umgesetzt werden.
Seriell-ATA (Advanced Technology Attachment) ist der logische Nachfolger des parallelen ATA beziehungsweise der EIDE-Schnittstelle (Enhanced Integrated Device Electronics). Die höhere Übertragungsrate, aber auch die Verbesserungen hinsichtlich der Leitungslänge sind deutlich.
Ältere ETX-Versionen (2.x) unterstützen kein Seriell-ATA. Erst mit einem Wechsel auf ETX 3.0 können zwei SATA-Stecker direkt auf das Modul gesetzt werden. Das widerspricht zwar dem Grundgedanken des kabellosen Modulkonzeptes, erlaubt aber andererseits ein einfaches Nachrüsten.