Die MES-Funktionen lassen sich in die drei Kategorien Datenmanagement, Entscheidungsfunktionen sowie Auswertung und Dokumentation gliedern.
Unter Datenmanagementfunktionen wird die Bereitstellung von Stammdaten (Artikel-, Kapazitäts- und Personalstammdaten), Fertigungsauftragsdaten aus dem ERP-System (Fertigungsauftragsverwaltung) sowie von Rückmeldungen aus dem Produktionsprozess verstanden. Zu den Entscheidungsfunktionen zählen sämtliche Planungs- und Steuerungsfunktionen. Hierzu gehören die Feinplanung und -steuerung, mit deren Unterstützung die Bearbeitungsreihenfolge der Aufträge in der Fertigung (Maschinenzuordnung und Abarbeitungsreihenfolge) festgelegt wird. Die Feinplanung muss mögliche Ressourcen-Konflikte (Engpässe bei Betriebsmitteln, Personalverfügbarkeit) aufzeigen und gegebenenfalls Lösungen vorschlagen. Das Materialmanagement als eine weitere Entscheidungsfunktion bestimmt den Materialbedarf nach Art, Menge und Termin sowie die Materialbereitstellung am jeweiligen Verbrauchsort. Darüber hinaus muss das MES bei chargen- beziehungsweise dokumentationspflichtigen Teilen die Bereitstellung und Verwendung der jeweils zulässigen Chargen sicherstellen. Dem Betriebsmittelmanagement obliegt die Verwaltung der Werkzeuge und Maschinen sowie die Steuerung der Instandhaltungsmaßnahmen.