Da der Antriebsmotor und das Getriebe koaxial angeordnet sind, lassen sich 162 mm an Bauraumlänge entlang der Antriebsachse einsparen. Die koaxiale Baugruppe aus Motor und Getriebe ist mit der PDU einheitlich kombiniert und spart 240 mm bei der Bauraumhöhe. Dadurch fällt die Schnauze des neuen FCX Clarity deutlich kürzer aus. Die neue Lithium-Ionen-Batterie liefert eine verbesserte Leistung und Energierückgewinnung in einem leichteren, kompakteren Paket – sie ist 40 Prozent leichter und 50 Prozent kleiner als der Ultra-Kondensator des 2005er FCX.
Dank dieser Verbesserungen im Antriebsstrang ist auch das Fahrzeuggewicht reduziert worden. Mit Hilfe einer optimierten Aerodynamik hat dies zu einer deutlichen Abnahme der Wärmeerzeugung geführt. Die Kühlluftzufuhr in den Motorraum wurde umgestaltet und die Kühlleistung der Kühler erhöht. Diese Verbesserungen haben es möglich gemacht, den Brennstoffzellenkühler, den Antriebskühler und den Kondensator der Klimaanlage in eine dreischichtige Einheit zu integrieren. Die neue Kühlereinheit erfordert daher 40 Prozent weniger Platz.
All diese Details haben zu einer Verbesserungen von ungefähr 60 Prozent beim Wirkungsgrad (LA-4 model), 20 Prozent beim Verbrauch und 40 Prozentbei der Reichweite geführt. Der neu entwickelte und ruhigere Motor besitzt ausreichend Leistung und ein großes Drehmoment und hohe Drehzahl. Die Honda-Ingeniuere haben noch ein paar weitere Systeme zur Verbesserung des Fahrverhaltens in die neue FCX-Generation gepackt, wie die »Shift by Wire«-Schaltbetätigung, eine elektrisch unterstützte Lenkung (EPS), eine adaptive Geschwindigkeitsregelung (ACC) und eine Traktionskontrolle (TCS).